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Les vecteurs d'origine plasmidique ont une origine de transcription du SV40 (SV40 ORI) ou du polyome et doivent donc être introduits dans une lignée spéciale pour s'y répliquer: les cellules COS (CV1 Origin defective SV40). Les cellules COS sont dérivées de la lignée CV1 de rein de singe. Elles ont dans leur génome la région précoce de l'ADN du SV40 qui code pour l'antigène T, qui est un activateur de l'origine de réplication.
Si les cellules hôtes n'ont pas de particularités, on emploie le gène néo. On peut également mettre à profit d'autres fonctions enzymatiques:
Le gène tk provient de l'Herpès Simplex Virus et confère le caractère tk+ aux cellules transformées, qui poussent alors sur milieu sélectif HAT comprenant de l'hypoxanthine, de l'aminoptérine, de la thymidine. De telles cellules tk+ sont cependant sensibles au ganciclovir.
Le méthotrexate est un inhibiteur de la synthèse des purines. Il est l'agent sélectif de cellules transformées DHFR+ (DéHydroFolate Réductase).
Les cellules XGPRT+ (Xanthine Guanine Phosphoribosyl Transférase) poussent sur un milieu sélectif comprenant de l'adénine, de la xanthyne et de l'acide mycophénolique.
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